该方向有国家杰青2人（杨卫军、金勇丰）、国家优青1人（吕镇梅）、教育部新世纪人才1人（陈铭）。近4年来，学科成员在Nature Communications、Molecular Biology and Evolution、ISME J.和New Phytologist等国际知名期刊发表SCI 论文80余篇，其中（1）揭示“东亚第三纪孑遗落叶林关键植物类群的物种形成、种间杂交与种群历史动态”，被同时配以评论文章（Current ‘relicts’ more dynamic in history than previously thought），认为“该成果不仅揭示了该属植物详细的进化历史，而且挑战了学术界长期以来形成的观点——第三纪孑遗植物在东亚具有稳定的进化与种群动态历史，加深了我们理解当代气候变化对生物多样性的影响”；（2）阐明西太平洋−印度洋深海热液口物种起源与进化模式，为我国强力推进由近浅海向深远海战略转移的国家战略和未来实施公海油、汽、矿资源的开发利用，做出了特殊贡献。