历史与当代的地理和环境因子如何在不同的进化尺度上影响物种的空间遗传分化一直是分子与进化生态学研究中的核心科学问题之一，但迄今为止还没有得到很好的研究。中国亚热带植物区系保存有丰富的第三纪孑遗成分，由于这些孑遗物种分布于环境与景观异质性明显的山地，因而成为开展此类研究的一个极佳系统。
本研究组选择广布于中国亚热带山地的特有第三纪孑遗森林树种香果树（Emmenopterys henryi）为研究对象，基于多位点的序列与基因组水平的分子标记数据，利用系统发育、亲缘地理学以及景观遗传学方法研究了该种的谱系分化与群体进化历史，定量检测了地理隔离效应（IBD）、环境阻力隔离效应（IBE）与适应性分化隔离效应（IBA）在群体遗传分化中的相对作用，阐明了种群分化的机制。研究结果表明：香果树在种水平具有较高的遗传多样性和明显的谱系地理结构，谱系分化与中新世/上新世的地质和气候事件有关，第四纪气候的动荡诱导了地理谱系内部的分化，而当代的群体间地理隔离效应与环境阻力隔离效应对群体间的基因流也产生了明显的阻隔效应，同时自然选择导致的局域适应性则进一步加速了群体间分化。总之，历史与当代的环境变化与景观异质性共同塑造了该种目前的遗传结构。
本研究不仅有助于理解第三纪以来的地质和气候变化是如何影响东亚第三纪孑遗森林植物的谱系与遗传多样性，而且对香果树野生群体的保护也具有重要的理论指导。论文第一作者为邱英雄教授指导的博士生张永华。
