间断分布于地中海、东非、南亚的常绿硬叶林成分被认为是第三纪古热带植物区系在古地中海地区的残遗，但最近科/属水平的分子系统发育与生物地理研究案例越来越多地挑战这种传统的“地理隔离”假说。但基于居群水平的生物地理与亲缘地理学研究仍未开展，因此，常绿硬叶林成分在地中海、东非、南亚间断分布的形成原因及其如何应对古环境的变化仍不清楚。

为阐明这一科学问题，本研究组选择分布于地中海、东非、南亚的常绿硬叶林伴生物种穗菝葜（Smilax aspera）为研究对象，基于多个位点的核基因与叶绿体序列数据，利用系统发育、生物地理、亲缘地理学以及贝叶斯模型分析方法，研究了该种的谱系分化时间、居群迁移历史以及时空动态格局。研究结果表明，自中新世晚期以来的多次气候变化导致的渐进式“地理隔离”事件，是穗菝葜在地区内及地区间发生谱系分化的根本原因；同时，谱系之间存在少量的地理扩张与长距离传播现象；地中海为该种的遗传多样性与谱系分化中心。研究结果对阐明泛地中海成分的起源与进化具有重要意义。

Chen Chen, Zhe-Chen Qi, Xi-Hui Xu, Hans Peter Comes, Marcus A. Koch, Xin-Jie Jin, Cheng-Xin Fu^* and Ying-Xiong Qiu^*. Understanding the formation of Mediterranean–African–Asian disjunctions: evidence for Miocene climate-driven vicariance and recent long-distance dispersal in the Tertiary relict Smilax aspera (Smilacaceae). New Phytologist (SCI IF: 6.736). 27 JUN 2014 DOI: 10.1111/nph.12910.

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.12910.

    同时，通过对世界菝葜科10年的野外调查和研究，全面揭示了该类群的系统发育关系。修订、完善了以前的分类系统，如归并了东亚的肖菝葜属；阐明了亚洲的针刺菝葜起源于北美墨西哥北部，北美的草本菝葜起源于东亚；证实了美国上中西部存在冰期生物避难所。基于菝葜叶绿体基因组对整个单子叶植物进行了叶绿体的比较基因组研究。上述成果先后发表在本领域国际主流杂志Molecular Phylogenetics and Evolution 2012，64: 545-562；Molecular Phylogenetics and Evolution 2013，68: 300–311；Bot J Linn Soc 2013 173: 535–548；American Journal of Botany 2013,100: 801–814以及Phytotaxa 2013, 142: 58–60，研究为完成世界菝葜科专著奠定了可靠基础。