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傅承新-邱英雄实验室在Molecular Phylogenetics and Evolution发表2篇论文

时间:2018年08月02日 访问次数:253

邱英雄课题组近期在化领域的Top ten杂志Molecular Phylogenetics and Evolution (IF = 4.412) 上发表两篇论文。
以东亚岛屿特有植物类群舟山新木姜子(Neolitsea sericea)为研究对象,基于叶绿体、ITS和限制性内切位点相关的DNA标记(RAD tags),整合系统发育学、亲缘地理学和景观基因组学等学科,利用生态位模型(ENM)、近似贝叶斯计算(ABC)、广义差分模型(GDM)、广义线性混合模型(GLMM)和随机多重矩阵回归模型等研究方法,表明早期迁移和更新世中期至晚期的一系列地理隔离事件是促使舟山新木姜子群体遗传分化以及其现代地理分布格局形成的关键因素。对异质性生境(尤其是年均温和季节性降水等因素)的局域适应也是驱使舟山新木姜子谱系多样化的重要因素。本研究是利用基因组数据对东亚路桥岛屿系统进行植物谱系分化机制探讨的第一篇报道,为理解中国-日本间断分布植物区系的起源以及东亚物种多样性的形成提供了重要的理论基础和科学指导。曹亚男博士为该论文的第一作者,邱英雄教授为论文的通讯作者。该研究结果以Inferring spatial patterns and drivers of population divergence of Neolitsea sericea (Lauraceae), based on molecular phylogeography and landscape genomics.为题发表于自然科学类期刊Molecular Phylogenetics and Evolution (IF = 4.412) 上。
课题组以东亚-北美间断分布的抗癌药用鬼臼亚科(Podophylloideae)植物为研究对象,首次成功拼接得到鬼臼亚科14个(12个物种,其中八角莲和六角莲各有两个谱系)及其外类群物种Achlys triphylla15个叶绿体基因组序列。系统发育基因组学的研究结果表明:鬼臼亚科、八角莲属和山荷叶属是很好的单系,桃儿七属(Sinopodophyllum)为鬼臼亚科的最基部类群,研究结果挑战了东亚桃儿七属与北美足叶草属(Podophyllum)为姐妹类群的传统分类与进化观念。同时,本研究还揭示了matK基因在鬼臼亚科特定谱系中受到了正向选择,可能与近期分化类群对低海拔生境的适应有关。叶文清博士为该论文的第一作者,邱英雄教授为论文的通讯作者。该研究结果以Plastome organization, genome-based phylogeny and evolution of plastid genes in Podophylloideae (Berberidaceae)为题发表于自然科学类期刊Molecular Phylogenetics and Evolution (IF = 4.412) 上。
上述两篇研究成果为理解东亚物种多样性的形成机制提供很好的案例和研究思路。
 
Ya-Nan Cao, Ian J. Wang, Lu-Yao Chen, Yan-Qian Ding, Lu-Xian Liu, Ying-Xiong Qiu*. 2018. Inferring spatial patterns and drivers of population divergence of Neolitsea sericea (Lauraceae), based on molecular phylogeography and landscape genomics. Molecular Phylogenetics and Evolution (IF = 4.412). DOI: https://doi.org/10.1016/j.ympev.2018.04.010. 

Wen-Qing Ye, Zhao-Yan Yap, Pan Li*, Hans Peter Comes, Ying-Xiong Qiu*. 2018. Plastome organization, genome-based phylogeny and evolution of plastid genes in Podophylloideae (Berberidaceae). Molecular Phylogenetics and Evolution (IF = 4.412). DOI: https://doi.org/10.1016/j.ympev.2018.07.001