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生物信息学实验室在Cell发表合作研究论文

时间:2018年02月24日 访问次数:2617

     生命科学学院陈铭教授课题组与浙江大学医学院郭国骥课题组2018222日在Cell期刊上发表题为“Mapping the Mouse Cell Atlas by Microwell-seq”的合作研究论文。

该研究利用自主开发的一套完全国产化的Microwell-seq高通量单细胞测序平台,对来自小鼠近50种器官和组织的40余万个细胞进行了系统性的单细胞转录组分析,并构建了首个哺乳动物细胞图谱。此外,在提升现有单细胞技术精确度的同时,该新技术的出现还使得单细胞测序文库的构建成本降低了一个数量级。

该研究全面盖了哺乳动物体内的各种主要细胞类型,并对每一种器官内的组织细胞亚型,基质细胞亚型,血管内皮细胞亚型,和免疫细胞亚型进行了详细的描述,绘制了一幅细胞地图。研究发现来自于不同组织的基质细胞,拥有完全不同的基因表达特征,对组织特异性微环境行使重要的调节作用。

同时该项工作构建了小鼠单细胞转录组数据库以及小鼠细胞图谱网站(http://bis.zju.edu.cn/MCA/)。该网站不仅拥有互动性的数据展示和基因搜索界面,还提供了强大的单细胞数据比对系统。任何单细胞表达谱数据都可以通过单细胞比对分析,寻找到它所对应的细胞类型和来源。这套系统将对细胞命运决定的机制性研究,再生医学的移植前细胞鉴定以及临床疾病的细胞水平诊断带来深远的影响。

周银聪博士研究生为文章的共同第一作者,陈铭教授为共同作者。

Xiaoping Han*,+, Renying Wang+, Yincong Zhou+, Lijiang Fei+, Huiyu Sun+, Shujing Lai, AssiehSaadatpour, Zimin Zhou, Haide Chen, Fang Ye, Daosheng Huang, Yang Xu, Wentao Huang, Mengmeng Jiang, Xinyi Jiang, Jie Mao, Yao Chen, Chenyu Lu, JinXie, Qun Fang, Yibin Wang, Rui Yue, Tiefeng Li, He Huang, Stuart H. Orkin, Guo-Cheng Yuan, Ming Chen & Guoji Guo* (2018)172: 1091-1107IF5=34.103.全文链接:http://www.cell.com/cell/pdf/S0092-8674(18)30116-8.pdf