微生物学二级学科是浙江省重点学科。现有教职工8人，其中教授6人，副教授2人；拥有国家杰出青年科学基金项目获得者、国家级教学名师、国家“万人计划”科技创新领军人才、国家优秀青年科学基金项目获得者。承担国家“973”计划、国家“863”计划、国家基金重点项目、面上基金项目及其它省部级重大重点项目以及企业合作项目，近5年年均发表SCI论文约50篇，其中在PNAS、Nature Communication，ISME J.，PLoS Genetics，PLoS Pathgens， J. Biol. Chem.，Environ. Microbiol.，Mol Microbiol Appl. Environ. Microbiol.， J. Bacteriol.等微生物领域著名刊物发表近百篇。目前的主要研究领域包括以下4个方向：

1. 应用微生物学方向：一是农业及生活害虫微生物防治的关键生命过程的蛋白基础及其调控与进化，及以此为基础的应用研究；二是具有重要工业及药用价值的微生物工程菌构建、相关酶的工程研究及制剂开发。

2. 环境微生物学方向：重金属和有机物污染影响下的微生物生理生化、分子生态特性及其基因表达产物，污染环境微生物的生态适应性及其机制，微生物对污染环境的生物修复及其机理。

3. 极端环境微生物学方向：嗜盐、嗜碱、嗜热、嗜冷、耐辐射微生物的物种资源及功能基因利用，耐辐射机理及调控网络，光敏蛋白的高速光开关应用，高盐污水的治理。

4. 分子微生物学方向：主要关注细菌的环境适应的分子机制，包括细菌信号传递的分子机理研究及其调控，细菌电子传递的物质基础及调控。